La Boemia Meridionale é percepita già da molto tempo come zona agraria in cui l'allevamento dei pesci e la selvicoltura sono molto sviluppati. Solo durante il secolo scorso, vi si é sviluppata l'industria leggera. La regione rappresenta, dal punto di vista geografico, un complesso abbastanza chiuso, il cui nucleo é formato dal bacino boemo-meridionale. A sud-ovest é circondata dalla Šumava, a nord-ovest spuntano i monti Brdy, a nord é limitata dall'altura di granito Středočeská, a est dall'altura Českomoravská ed a sud-est dai monti Novohradské. Nella vallata boemo-meridionale possiamo trovare due bacini denominati rispettivamente di Českobudějovická pánev e Třeboňská pánev.
La frontiera regionale é formata per la maggior parte dal confine con l'Austria e la Repubblica Federale di Germania (la cui lunghezza totale é di 323 km), poi confina con le regioni Plzeňský, Středočeský, Vysočina e la Moravia Meridionale. La caratteristica di essere regione al confine fornisce le possibilità di un'efficace collaborazione, oltre i confini, nel settore della produzione e dei servizi insieme allo sviluppo del turismo, si approfitta dell'attrattiva complessiva della regione con una natura poco danneggiata e con una grande quantità di monumenti culturali.
La superficie della regione é di 10 057 kmq, che rappresentano il 12,8% della superficie di tutta la Repubblica Ceca. Questo territorio é occupato per un terzo da boschi e per il 4% da aree idriche. La maggior parte del territorio si trova a 400 - 600 m sul livello del mare, a questo si devono le condizioni climatiche piuttosto rigide. Il punto più alto del territorio regionale della Boemia Meridionale é la cima di una montagna di Šumava che si chiama Plechý (1 378 m), al contrario il punto più basso (330m) coincide con il livello d'acqua della diga Orlická nella provincia di Písek.
Il territorio regionale e bagnato dalla parte alta e da quella centrale del fiume Moldava con i fiumi affluenti di Otava, Lužnice, Malše, Blanice e molti altri. Nel passato vi costruirono più di 7000 stagni, le cui superfici oggi ricoprono più di 30 mila ettari. Fra quelli più grandi ci sono quello di Rožmberk con una superficie di 490 ettari, quello di Bezdrev con 450 ettari e lo stagno Horusický con 415 ettari, i quali sono allo stesso tempo i più grandi della Repubblica Ceca. Inoltre, sul territorio regionale sono state costruite delle opere idriche come Lipno (la superficie idrica più grande nella Repubblica Ceca con 4870 ettari), come Orlík con le vaste aree per la villeggiatura e come Římov che fornisce l'acqua potabile per la maggior parte della regione. E' stato costruito il serbatoio d'acqua di Hněvkovice in relazione alla costruzione della centrale nucleare a Temelín.
La Boemia Meridionale non é molto ricca di materie prime, non c'é quasi nessuna fonte di materie prime energetiche. La ricchezza naturale di grande importanza é costituita però da ampi boschi, soprattutto quelli della Šumava e dai monti Novohradské. Si tratta soprattutto dei boschi aghifogli, d'abeti e di pini. La ricchezza più grande per le materie prime é costituita dai giacimenti della sabbia e del pietrisco, dei suoli laterizi, della pietra e delle sabbie vetrarie. Tra le altre fonti di primaria importanza ci sono la torba, e in alcune località, anche la pietra calcarea, il suolo specifico (kremelina) e la grafite.
Possiamo considerare l'ambiente regionale della Repubblica Ceca il meno danneggiato. Anche se l'appesantimento delle emissioni sta pian piano diminuendo, ci sono alcune fonti d'inquinamento, soprattutto nel campo dell'agricoltura e dell'industria. Nonostante il rilevante miglioramento, dal 1990 il corso del fiume Moldava é inquinato nella maggior parte del territorio, la situazione é migliore sui fiumi Otava e Lužnice. Sono considerati i più puliti il corso del fiume Malše (soprattutto nei dintorni della diga Řimovská) e le parti alte dei corsi dei fiumi Moldava e Blanice. La boscaglia risulta per quattro quinti non danneggiata, il resto danneggiato moderamente. L'aria alquanto pulita é un fenomeno favorevole, e una delle più pulite in tutta la repubblica.
Il territorio della regione ha sempre avuto un carattere più vacanziero che industriale. Lo sforzo di conservare l'ambiente naturale si rispecchiò nell'istituizione del Parco Nazionale di Šumava (con una superficie di 685 kmq - compresa la parte della regione di Plzeň), delle aree naturali protette della Šumava (con una superficie di 945 kmq - una parte si trova altrettanto nella regione di Plzeň), di Třeboňsko (700 kmq) e del Bosco Blanský (212 kmq). Nella regione possiamo ammirare 288 preesistenti naturali protetti di piccola superficie e molte creazioni prodotte dalla natura protette.
Le riserve urbane sono i centri storici delle città di České Budějovice, Český Krumlov (sull'elenco dei monumenti UNESCO), Jindřichův Hradec, Třeboň, Slavonice, Prachatice e Tábor. Oltre questi possiamo trovare nella regione anche molti monumenti storici, come i castelli a Hluboká nad Vltavou, a Český Krumlov, a Blatná, a Červená Lhota, a Zvíkov, a Orlík. Di gran rilievo é anche l'architettura popolare, soprattutto il cosiddetto "barocco contadino". Fra i monumenti più conosciuti di questo tipo sono la piazzetta di Holašovice (provincia di České Budějovice) che fa parte dal 1998 dei monumenti protetti sull'elenco UNESCO.