Der Direktor des Bezirksamtes des Südböhmischen Bezirks leitet den Betrieb und das Funktionieren des Amtes, vertritt das Amt nach außen, entscheidet über Personal- und Gehaltsangelegenheiten und ist für den Vollzug der Staatsverwaltung verantwortlich.
Das Regionsamt erfüllt Aufgaben des eigenen Wirkungsbereichs, die ihm von den gewählten Regionalorganen (Rat und Vertretung) aufgetragen wurden. Diese Aufgaben werden im Gesetz als Vollziehung im eigenen Wirkungsbereich bezeichnet. Außerdem kennt das Gesetz den Begriff Vollziehung im übertragenen Wirkungsbereich der Staatsverwaltung. Im Rahmen der Vollziehung im übertragenen Wirkungsbereich ist das Regionsamt den zentralen Staatsverwaltungsorganen (vor allem den zuständigen Ministerien) unterstellt, die im Rahmen der Staatsverwaltung gegenüber dem Regionsamt weisungsbefugt sind.
Der Bezirk Südböhmen hat seit dem 1.4.2004 sein Büro in Brüssel eröffnet. Die Kontaktperson ist ein von der Führung beauftragter Angestellter.