Kontrolní výbor podle zákona 129/2000 Sb.
a) kontroluje plnění usnesení zastupitelstva a rady,
b) kontroluje dodržování právních předpisů ostatními výbory a krajským úřadem na úseku samostatné působnosti,
c) plní další kontrolní úkoly, kterými jej pověří zastupitelstvo
Na zasedání Zastupitelstva Jihočeského kraje 22.12.2008 byl zvolen výbor v tomto složení:
předseda: Dvořák Luboš
místopředseda: Zrzavecký František
členové:
Eliáš Petr
Gregor Jan
Němec František
Ondřich František
Počtová Lucie
Říhová Ivana
Toman Vojtěch
Váňa Jan
Velich Ladislav