Zahraniční a vnější vztahy Jihočeského kraje se řídí §28, Zákona o krajích č.129/2000 Sb. přičemž přeshraniční spolupráci rozvíjí Jihočeský kraj intenzivně již od svého založení v roce 2001 s ohledem na aktuální dění v oblasti zahraniční politiky.
Nejužší formy spolupráce jsou přitom realizovány se Spolkovou republikou Německo, resp. vládním krajem Dolní Bavorsko a se dvěma spolkovými zeměmi Rakouské republiky, Horním a Dolním Rakouskem.
Partnerství s těmito sousedními regiony je nejdéle trvající, velmi intenzivní a má zcela konkrétní úkoly, které jsou od r. 2012 navíc realizovány mimo jiné i v rámci přeshraniční platformy Evropský region Dunaj - Vltava. Ta představuje celkem 7 regionů 3 sousedících zemí, jež pracují na společných projektech, například v oblasti hospodářství, dopravy, turismu, kultury, vzdělávání a zároveň na celkovém posílení významu regionů v rámci Evropy.
K dalším partnerským regionům Jihočeského kraje v zahraničí patří například švýcarský kanton Bern, Košický samosprávný kraj nebo region Pays de la Loire ve Francii. Ze vzdálenějších zemí pak navázal kraj spolupráci s kanadským městem Lethbridge, provincií Henan a městem Tianjin (Čínská lidová republika) či Sverdlovskou oblastí (Ruská federace).
Oddělení vnějších vztahů a zahraniční spolupráce Kanceláře hejtmana nabízí možnost tzv. individuální dotace na aktivity s přehraničním charakterem nejrůznějších organizací a institucí na svém území, především pak obcí, škol, neziskových organizací, univerzit, nejrůznějších spolků atp. Tyto subjekty tak mohou formálně žádat o individuální dotace na své vlastní aktivity, které mají přeshraniční charakter.
Organizace vnějších vztahů v rámci krajského úřadu