Kraj je spravován zastupitelstvem, které rozhoduje o věcech patřících do samostatné působnosti. Ve věcech přenesené působnosti rozhoduje, jen stanoví-li tak zákon.
Zastupitelstvo se schází podle potřeby, nejméně však jedenkrát za 3 měsíce. Zasedání je vždy veřejné. Pravomoc zastupitelstva, jeho jednání a odměňování členů vymezuje zákon 129/2000 Sb., o krajích. Zastupitelstvo Jihočeského kraje má 55 členů.
Zastupitelstvo rozhoduje ve věcech patřících do samostatné působnosti. Ve věcech přenesené působnosti zastupitelstvo rozhoduje, jen stanoví-li tak zákon.
Zastupitelstvu je podle zákona o krajích vyhrazeno
a) předkládat návrhy zákonů Poslanecké sněmovně,
b) předkládat návrhy Ústavnímu soudu na zrušení právních předpisů, má-li za to, že jsou v rozporu se zákonem,
c) vydávat obecně závazné vyhlášky kraje,
d) koordinovat rozvoj územního obvodu, schvalovat strategie rozvoje územního obvodu kraje podle zvláštních zákonů, zajišťovat jejich realizaci a kontrolovat jejich plnění,
e) schvalovat koncepce rozvoje cestovního ruchu na území kraje, zajišťovat jejich realizaci a kontrolovat jejich plnění,
f) volit zástupce kraje do regionálních rad regionů soudržnosti,
g) stanovit rozsah základní dopravní obslužnosti pro území kraje,
h) rozhodovat o spolupráci kraje s jinými kraji a o mezinárodní spolupráci,
i) schvalovat rozpočet kraje, schvalovat závěrečný účet kraje a schvalovat účetní závěrku kraje sestavenou k rozvahovému dni,
j)zřizovat a rušit příspěvkové organizace a organizační složky kraje; k tomu schvalovat jejich zřizovací listiny,
k) rozhodovat o založení a rušení právnických osob, schvalovat jejich zakladatelské listiny, společenské smlouvy, zakládací smlouvy a stanovy, rozhodovat o účasti v již založených právnických osobách,
l) delegovat zástupce kraje, s výjimkou § 59 odst. 1 písm. j), na valnou hromadu obchodních společností, v nichž má kraj majetkovou účast,
m) navrhovat zástupce kraje do ostatních orgánů obchodních společností, v nichž má kraj majetkovou účast, a navrhovat jejich odvolání; to neplatí, rozhoduje-li rada ve věcech jediného společníka obchodní společnosti podle § 59 odst. 1 písm. j),
n) volit a odvolávat hejtmana, náměstka (náměstky) hejtmana a další členy rady z řad svých členů a odvolávat je z funkce,
o) stanovit funkce, pro které budou členové zastupitelstva uvolněni a od kterého dne,
p)zřizovat a zrušovat výbory, volit a odvolávat jejich předsedy a členy,
q) stanovit výši odměn neuvolněným členům zastupitelstva za měsíc,
r) stanovit paušální částku náhrady výdělku ušlého v souvislosti s výkonem funkce podle § 46 odst. 3, rozhodovat o mimořádných odměnách podle § 51, o plněních pro členy zastupitelstva podle § 55 a o poskytnutí náhrady za nevyčerpanou dovolenou uvolněným členům zastupitelstva podle § 56a odst. 6,
s) vyslovovat souhlas se vznikem pracovněprávního vztahu mezi krajem a členem zastupitelstva,
t) stanovit pravidla pro poskytování cestovních náhrad členům zastupitelstva (§ 56),
u) rozhodovat o peněžitých plněních spojených s výkonem funkce členů výborů, komisí a zvláštních orgánů fyzickým osobám, které nejsou členy zastupitelstva,
v) udělovat ceny kraje,
w) rozhodovat o vyhlášení krajského referenda,
x) plnit další úkoly stanovené zákonem.
Zastupitelstvo rozhoduje o zrušení usnesení rady, jsou-li mu předložena k rozhodnutí podle § 62 zákona o krajích.
Zastupitelstvu je dále vyhrazeno rozhodování o těchto právních jednáních kraje:
a) nabytí a převod hmotných nemovitých věcí, s výjimkou inženýrských sítí a pozemních komunikací,
b) poskytování věcných a peněžitých darů podle zvláštního zákona v hodnotě nad 100 000 Kč jedné fyzické nebo právnické osobě v kalendářním roce,
c) poskytování dotací a návratných finančních výpomocí nad 200 000 Kč v jednotlivém případě fyzickým nebo právnickým osobám v kalendářním roce a uzavření veřejnoprávních smluv o jejich poskytnutí, nejedná-li se o účelové dotace z prostředků státního rozpočtu,
d) poskytování dotací obcím z rozpočtu kraje a kontrola jejich využití, s výjimkou poskytování dotací v době vyhlášení krizového stavu podle jiného právního předpisu, je-li dotace poskytována v souvislosti s vyhlášeným krizovým stavem,
e) vzdání se práva a prominutí dluhu vyšší než 200 000 Kč,
f) zastavení movitých věcí nebo práv v hodnotě vyšší než 200 000 Kč,
g) dohody o splátkách s lhůtou splatnosti delší než 18 měsíců,
h) postoupení pohledávky vyšší než 200 000 Kč,
i) uzavření smlouvy o přijetí a poskytnutí úvěru, zápůjčky, o převzetí ručitelského závazku, o přistoupení k závazku a ke smlouvě o společnosti,
j) zastavení nemovitostí,
k) vydání komunálních dluhopisů,
l) stanovení majetkové účasti na podnikání jiných právnických osob,
m) peněžité a nepeněžité vklady do právnických osob,
n) nabytí a převod práva stavby a smluvní zřízení práva stavby k pozemku ve vlastnictví kraje,
o) zpeněžení hmotné nemovité věci ve vlastnictví kraje nebo práva stavby ve veřejné dražbě a nabytí hmotné nemovité věci nebo práva stavby krajem v dražbě, ve veřejné soutěži o nejvhodnější nabídku nebo jiným obdobným způsobem; tuto pravomoc může zastupitelstvo zcela nebo zčásti svěřit radě nebo hejtmanovi.
K platnému usnesení, rozhodnutí nebo volbě zastupitelstva je třeba souhlasu nadpoloviční většiny všech členů zastupitelstva.